南京明基醫院致力於建設醫療、教學、科研、運營四位一體的學院型醫院。 2009年3月南京醫科大學附屬明基醫院正式揭牌，同年成為南京中醫藥大學教學醫院，2011年5月納入南京醫科大學第四臨床醫學院管理，2013年成為東南大學醫學院教學醫院。 先後與內地、香港、臺灣十幾所醫學院校建立了教學合作關係。 2018年獲批江蘇省博士後創新實踐基地，2020年完成藥物臨床試驗機构備案並通過江蘇省藥監局組織的首次監督檢查。

十五年來，我院已建立了完整的教學管理體系，教學品質穩步提升，教學工作屢創佳績。 院院合作、院校融合，以學校為依託，借助院士團隊的科技和資源優勢，建設院士工作站、中心實驗室、外科實驗室、南京醫科大學外科感染於免疫臨床轉化研究中心等科研創新平臺，科研課題及成果產出逐年提高。 承擔國家自然科學基金、江蘇省自然科學基金等各類縱橫向課題兩百餘項，發表SCI論文百餘篇。 積極搭建國內外學術交流平臺，開展學術活動，推動醫、教、研協同可持續發展。